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判定亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律,在配子细胞形成时,成对的等位基因彼此分离,分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代,孩子的两个基因组一个来自母亲,一个来自父亲;因此同对的等位基因也就是一个来自母亲,一个来自父亲。鉴定结果如果符合该规律,则不排除亲生关系,若不符合,则排除亲生关系(变异情况除外)
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